In der regulären Förderlinie werden die direkte medizinische Hilfe für Patienten, Maßnahmen zur Verbesserung der medizinischen Infrastruktur sowie medizinische Aus- und Weiterbildungsprojekte in Entwicklungsländern unterstützt.

In der Förderlinie Initiative Klinikpartnerschaften – Partner stärken Gesundheit finanziert die EKFS gemeinsam mit dem Bundesministerium für wirtschaftliche Zusammenarbeit und Entwicklung (BMZ) Partnerschaftsprojekte zwischen deutschen Organisationen des Gesundheitssektors und Partnern weltweit. Diese Förderlinie wird durch die Gesellschaft für internationale Zusammenarbeit (GIZ) betreut.