In der regulären Förderlinie werden die direkte medizinische Hilfe für Patientinnen und Patienten, Maßnahmen zur Verbesserung der medizinischen Infrastruktur sowie medizinische Aus- und Weiterbildungsprojekte in Entwicklungsländern unterstützt.

Das Förderprogramm "Klinikpartnerschaften – Partner stärken Gesundheit" finanziert die EKFS gemeinsam mit dem Bundesministerium für wirtschaftliche Zusammenarbeit und Entwicklung (BMZ) Partnerschaftsprojekte zwischen deutschen Organisationen des Gesundheitssektors und Partnerinnen und Partnern weltweit. Dieses Förderprogramm wird durch die Gesellschaft für internationale Zusammenarbeit (GIZ) betreut.