In der regulären Förderlinie werden die direkte medizinische Hilfe für Patientinnen und Patienten, Maßnahmen zur Verbesserung der medizinischen Infrastruktur sowie medizinische Aus- und Weiterbildungsprojekte in Entwicklungsländern unterstützt. Eine Antragstellung ist jederzeit möglich.

Das Förderprogramm "Klinikpartnerschaften – Partner stärken Gesundheit" finanziert die EKFS gemeinsam mit dem Bundesministerium für wirtschaftliche Zusammenarbeit und Entwicklung (BMZ) Partnerschaftsprojekte zwischen deutschen Organisationen des Gesundheitssektors und Partnerinnen und Partnern weltweit. Dieses Förderprogramm wird durch die Gesellschaft für internationale Zusammenarbeit (GIZ) betreut.

Angesichts des großen Elends und der Probleme der Menschen aus der Ukraine, stellt die Else Kröner-Fresenius-Stiftung seit Frühjahr 2022 temporär Fördergelder für Hilfsprojekte in der Ukraine oder für Geflüchtete in Deutschland und Anrainerländern zur Verfügung. Entsprechend dem Stiftungszweck kann das Geld ausschließlich für medizinische Projekte eingesetzt werden.