Die EKFS fördert im humanitären Bereich zwei Sonderprogramme zu den Schwerpunkten Kindergesundheit und nicht-übertragbare Krankheiten (NCDs).
Die beiden Programme verfügen zunächst über eine Laufzeit von fünf Jahren und sind mit bislang 3,5 bzw. knapp 3 Millionen Euro ausgestattet. Es ist geplant, sie mit jährlichen Sonderausschreibungen zum jeweiligen Schwerpunkt weiter auszubauen und zu vertiefen.
Regionale Zuständigkeit (reguläre Förderlinie): Südamerika (u. a. Argentinien, Guatemala, Kolumbien, Peru, Venezuela), französischsprachiges und portugiesischsprachiges Afrika (u. a. Burkina Faso, Burundi, DRC, Mosambik, Madagaskar, Senegal, Gabun, Kamerun, Niger und Elfenbeinküste)