Die EKFS fördert im humanitären Förderbereich verschiedene Sonderprojekte. Dazu zählen die Else Kröner Center in Äthiopien und Tansania sowie die Else Kröner Fellowships als Teil des BEBUC-Exzellenzstipendienprogramms.
Mit den Else Kröner Fellowships werden herausragende Studierende in den Bereichen Medizin sowie Lebenswissenschaften in der Demokratischen Republik Kongo (DRC) in allen Phasen des Studiums einschließlich der Promotion mit Stipendien unterstützt.
Das Ziel des Else Kröner Centers for Cancer Care Halle-Wittenberg/Addis Abeba, Äthiopien ist es, die Onkologie-Versorgung für Frauen zu verbessern und auszuweiten - umgesetzt durch die Medizinische Fakultät der Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg in Äthiopien.
Das neu gegründete Else Kröner Center for Advanced Medical & Medical Humanitarian Studies Würzburg – Mwanza, Tansania soll in den kommenden Jahren bestehende medizinisch-wissenschaftliche Aktivitäten in einem strukturierten und nachhaltigen Rahmen zusammenführen und ausbauen.