Kurzbeschreibung:
Wie Zellen in einem Tumor angeordnet sind, kann ebenso aufschlussreich sein wie ihre Zusammensetzung. In Nature Methods stellen Meyer-Bender und Kollegen spatialproteomics vor: eine frei verfügbare Python-Software, die komplexe Gewebebilder in Karten von Zelltypen und ihren Nachbarschaften überführt. Sie verbindet Bildverarbeitung, Zellidentifikation und räumliche Analyse und lässt sich mit etablierten Werkzeugen der Einzelzellanalyse kombinieren. An Lymphknoten- und Lymphomproben von 132 Patientinnen und Patienten analysierte das Team über 3,5 Millionen Zellen. Dabei zeigte sich ein Verlust der normalen Gewebestruktur bei aggressiven Lymphomen. Auch Gigapixel-Aufnahmen ganzer Gewebeschnitte ließen sich verarbeiten. Die Software erleichtert die Auswertung räumlicher Proteindaten und eröffnet neue Möglichkeiten, die Tumorumgebung und Veränderungen ihrer zellulären Architektur zu untersuchen.
Publikation:
Meyer-Bender M, Vöhringer H, Schniederjohann C, Koziel S, Chung E, Popova E, Brobeil A, Griese N, Kolks N, Held LM, Munir A; Scverse Community; Dietrich S, Bruch PM, Huber W. Spatialproteomics: an interoperable toolbox for analyzing highly multiplexed fluorescence image data. Nat Methods. 2026.
Zum Paper: https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC13441886/
Paper of the Month einreichen:
Mit der Serie „Paper of the Month“ berichtet die Else Kröner-Fresenius-Stiftung von den hervorragenden Arbeiten der von ihr geförderten Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler exemplarisch und druckfrisch. Regelmäßig präsentieren wir kürzlich in besonders renommierten Journalen erschienene, aus der Förderung der Stiftung hervorgegangene und mit entsprechendem acknowledgement versehene Publikationen, jeweils in den Kategorien "Originalarbeit" und "Review". Bei jeder dieser Publikationen sind der Erstautor und/oder der Seniorautor durch die Stiftung gefördert.
Wir laden alle Projektleiter, Stipendiaten und Kollegiaten ein, ihre den genannten Kriterien entsprechenden Arbeit als Vorschlag für das Paper of the Month an Frau Anne Asschenfeldt (a.asschenfeldt@ekfs.de) zu senden.
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