In ihren verschiedenen Antragsverfahren fördert die EKFS
- Medizinerinnen und Mediziner, die Forschung und Klinik in ihrem Berufsweg synergetisch verbinden wollen (sogenannte Clinician Scientists),
- Nachwuchswissenschaftlerinnen und -wissenschaftler, die in der Medizin arbeiten, sowie
- Forschende, die mit ihren Schlüsselprojekten Durchbrüche in der Diagnose und Therapie von Erkrankungen erwarten lassen.
Weiterhin fördert die Stiftung mit dem Else Kröner Fresenius Zentrum für Ernährungsmedizin in München ein Zentrum, das nachhaltig Ernährungsfragen in der Medizin angeht. Mit dem Else Kröner Fresenius Zentrum für Digitale Gesundheit will die EKFS zudem ein Reformmodell der deutschen Hochschulmedizin aufbauen.
In der Translatorik-Förderlinie werden anwendungsorientierte Forschungsprojekte gefördert, die helfen sollen, Lücken zwischen medizinisch-naturwissenschaftlicher Grundlagenforschung und ihrer Anwendung im klinischen Alltag möglichst rasch zu schließen.